细菌性肝脓肿手术指征：

一、不适用于介入治疗的或者介入治疗失败。

二、脓肿存在多个分隔或者多发性囊肿的囊液粘稠，因为这个时候单纯置管是无法完全彻底的引流脓肿。

三、脓肿穿孔、破裂或者存在并发症。因为这个时候脓肿已经破裂。脓液已经到腹腔里。这时候单纯引流是效果不好的。需要开刀进行把脓液都清除。

四、同时合并有其他需要手术治疗的腹部疾病。比如说恶性肿瘤或者胆道异常等。

同时对于肝脓肿的切开引流和部分的肝叶切除术都是常见的两种手术疗法。需要外科医生根据病人的具体情况来选择。