正常人的肠道中积聚着大量的不同种类的微生物，组成了对人类健康极为重要的体内微生态环境，参与营养消化、吸收及清理肠道、维护健康的作用。

宝宝的大便细菌培养查的不是这些对人体有益的细菌，而是查可以导致消化道感染的细菌，导致腹泻的病原菌分为两大类：一类是通过产生肠毒素致病的细菌，如霍乱弧菌、葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌，可以导致分泌性的腹泻。

另一类是细菌直接入侵肠粘膜上皮细胞，使细胞发生炎症变化，如沙门菌、志贺菌、弯曲菌、耶尔森菌等。可以导致炎性腹泻，致病大肠埃希菌可引起肠道侵袭性或出血性疾病。由于长期住院使用抗菌药物的患者腹泻粪便中有时可检出单纯的肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌或者念珠菌。

上述这些细菌通过大便培养是能检查出来的。当然，婴幼儿腹泻病原体以轮状病毒为主，而病毒通过普通的细菌培养是检查不出来的。必须通过其它的方法检查。