磁共振检查属于一种常见的影像检查手段，相对CT来说，它没有辐射，而且对于软组织分辨率较高，全身各个器官和系统的疾病都可以应用磁共振检查。目前在大脑中枢神经系统方面，它几乎囊括了所有的疾病，特别是对于脑肿瘤、脑梗塞、脑炎的诊断，更是运用得十分广泛，基本替代了CT。

在腹腔脏器方面，比如肝、肾、胰、脾等实质脏器肿瘤的检出和定性诊断效果明显。生殖系统的病变，比如前列腺和子宫的肿瘤更是以磁共振为首选。

在四肢骨关节的检查方面，运动损伤的诊断临床应用非常广泛，比如膝关节、肩关节和踝关节的外伤，骨关节退行性病变，韧带、半月板、肌腱、肌肉等病变的检查优势都比较明显。