俗话说是药三分毒，抗生素类药物最直接的危害就是抗生素摧毁肠道菌群的微生态平衡，造成小儿体内正常菌群紊乱，引发二重感染，甚至产生耐药性的“超级细菌”。肠道受损，直接表现就是孩子没有胃口或者拉肚子。另外大量或长期使用抗生素，孩子机体的抵抗力下降，一些真菌乘虚而入，引起鹅口疮、念珠菌肠炎等等。而有些抗生素对儿童有一些严重的毒副作用，比如喹诺酮类药物对儿童软骨有潜在损害；氨基糖苷类抗生素造成孩子的耳毒和肾损伤等等。

因此小儿抗生素的使用应以医生的建议为主，抗生素的使用有严格的指征和疗程，在这方面国家也有严格的规范和指南，禁止随意给小儿使用抗生素，二种或者以上的抗生素联合使用更需谨慎。