医生往往会根据患者提供的病历资料，及对患者仔细的体格检查，去合理的选择穿刺的部位，旨在获取有效的组织的同时，尽量减少并发症的发生，比如B超引导下，穿刺浅表淋巴结或肿块的风险，往往比CT引导下，穿刺更深部位的肺组织的风险小很多。对于一些靠近自然管腔支气管、胃肠道、胆道、胰管等很近的肿瘤，通过支气管显微镜及电子肠镜引导下到达肿瘤的部位，然后通过B超去发现肿瘤，避开血管进行穿刺，这样取得组织的风险比较少，准确率很高。此外拍的CT检查也常常可以给医生，提供有价值的穿刺部位，提高穿刺的效率。