不同的病毒性脑炎会产生不同的后果，普通的病毒性脑炎一般能够完全治愈，不留任何后遗症。

但是有一些病毒性脑炎会产生严重的后遗症，譬如疱疹病毒性脑炎会产生严重的后遗症，这种脑炎也称坏死性脑炎，主要的后遗症有癫痫、认知功能障碍、精神症状等，治愈后会留有一些智障的表现。

病毒性脑炎主要是累及到了大脑皮层，所以常见的表现是癫痫、认知功能障碍，而这些患者常常运动功能和语言功能问题不是很大，主要是记忆力、计算力、理解能力方面会出现明显下降。