面肌痉挛手术是一种常规的神经外科微创开颅手术，并发症极少，最常见的往往是一过性面瘫、听力下降。

这种一过性面瘫，一种是继发性的，继发性的面神经瘫痪往往与术中的神经刺激有关。还有一种是迟发性的，迟发性面瘫，往往是由于血管痉挛等面神经炎等因素造成的。其处理上按面神经炎处理，绝大部分可以自己恢复。

面肌痉挛还有一个并发症是听力下降，也是由于血管刺激引起的，一般很难恢复。另外，由于手术操作可能靠近前庭神经，所以说术后病人可能还有眩晕的症状，这些症状部分能够缓解，部分可能持续存在。