肝内胆管结石的形成原因有：

第一，胆道结构异常，有可能胆道结构的畸形导致胆汁的排泄障碍，这是导致肝内胆管结石的重要原因；

第二，饮食习惯；

第三，肝内胆管结石，导致肝内胆道的堵塞，形成胆道炎症甚至肝脏萎缩，严重时会出现黄疸和肝脏功能异常。