扁桃体炎可以分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎，急性扁桃体炎主要与感染和免疫因素有关，主要致病菌是乙型溶血性链球菌，而非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及一些病毒也可以引起急性扁桃体炎。

细菌与病毒混合感染比较多见。还有合并厌氧菌感染的病例。而当某些诱因，比如受凉、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、艾滋病等，使全身或局部的抵抗力降低，隐藏在扁桃体隐窝中的细菌和病毒等病原体趁机侵入人体，或原有细菌大量繁殖，从而引起患者发病。

慢性扁桃体炎大多是由于急性扁桃体炎反复发作、迁延不愈而导致的。此外，雾霾天气、接触有害气体、辛辣刺激、烟酒过度等也可引起慢性扁桃体炎。