疱疹性咽峡炎在治疗上没有特异性药物，抗病毒药目前正在研制中。主要是对症处理，注意休息，加强护理，板蓝根冲剂及维生素C为常用药物。发热者给予退热处理，惊厥者给予止痉镇静，肌痛者镇静及卧床休息，注意预防继发感染，小婴儿加强支持治疗。饮食上以清淡饮食容易消化为主，不吃煎炸刺激及油腻食物，加强口腔护理，进食后漱口，避免食物残渣停留在口腔疱疹上。