通常，宝宝感染手足口病的致病病毒以后，会有2~10天潜伏期，然后才发病。大部分病程在7天左右。

第1~2天即初发期：发病早期，宝宝常表现为疲倦、食欲下降、发热。

第3~5天（症状高峰期）：这一阶段会出现剧烈的口腔疼痛、手脚出现皮疹，宝宝也会因为口腔很疼、皮疹瘙痒而性情暴躁、入睡困难、明显厌食等。

第6~7天（恢复期）：后期阶段，基本退热，食欲逐渐恢复，手足皮疹渐渐褪色、脱皮，严重的会出现手指、脚趾末端脱甲。脱甲时家长不要惊慌，宝宝并不感觉疼痛，1-4个月左右，指甲便会自己长好。

少数病例病情迅速进展,在发病1-5天左右出现脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎、肺水肿、循环障碍等极少数病例病情危重，可致死亡，存活者可留有后遗症。