单纯的乳腺囊肿，在没有疼痛和不适的时候，是可以不予以治疗的，但需要进行每3-6个月的复查追踪。有疼痛不适的单纯性囊肿，或者复合性囊肿，可以进行细针穿刺抽出囊液，同时配合中药的治疗，如果治疗后复发，可以再次使用穿刺抽吸来治疗。 反复发生的乳腺囊肿，特别是复合囊肿，在多次穿刺抽液后仍然复发的，可以考虑手术治疗。如果穿刺细胞学活检当中发现有囊肿内上皮非典型性的增生，或者囊内液为血性的，这个时候，应当手术治疗。此外，部分恶性肿瘤，如乳腺黏液腺癌以囊肿为主要表现，因此乳腺囊肿如果出现了囊壁的增厚、囊壁的赘生物等等表现的时候，应当考虑切除，活检来明确它的诊断。需要行切除的时候，应当要注意完整地切除乳腺囊肿。如果为恶性病变，则应该要按照乳腺癌的原则进行治疗。