CT普及率高，适应症广，扫描速度快，临床上应用最多的是CT。磁共振扫描速度远低于CT，费用较高，但是对软组织分辨率高。两者成像原理不同，各有优势，相互结合，可提供更多的信息，有助于诊断。 医生遇到外伤和急腹症时首选CT，可能医生看到报告后，又建议再做核磁，这是常有的事情，比如颅骨骨折时，脑组织损伤如何，需要核磁评估。那为什么不直接做核磁呢？虽然核磁显示脑组织明显优于CT，但是对面部、颅底及耳部的骨折远不如CT，利用各自的优势，显示病变的不同点，达到更好的诊断和治疗。

X线、CT检查都是有辐射的，难免会令人担忧，甚至恐惧。其实辐射广泛存在于我们周围，比如手机、电脑，每人每年所接受天然背景辐射剂量为2mSv，一次胸片的辐射剂量仅有0.02mSv，即使孕早期意外接受过一次胸片检查，仍然可以继续妊娠。 CT的辐射相对于X线要大得多，一次胸部CT平扫相当于400张胸片，采取低剂量扫描方式可以降低一半。作为孕妇应尽量避免有辐射的检查，这可能对胎儿的DNA造成损伤，导致畸形，迫不得已时，要用铅衣遮挡腹部。 磁共振没有辐射，但出于安全考虑，孕早期不建议胎儿磁共振检查，三个月之后是安全有效的，常用于评估胎儿发育、胎盘异常等等，儿童接受影像检查是安全的。