导致尿道感染最主要的原因，是致病微生物的逆行感染，也就是指致病微生物是通过尿道口逆行进入尿道之后，引起了尿道黏膜的充血、水肿、溃烂，而表现为尿频、尿急、尿痛、尿道口流脓、血尿等症状，多见于不洁的性生活而被传染。有部分男性患者，是由于本身患有包皮龟头炎症，没有及时治疗而引起，或者是女性患者本身患有阴道炎症，而被感染了尿道炎。还有些患者是本身患有尿道狭窄、尿道内有结石等情况而引起的尿道感染。

尿路感染最常见的感染途径是逆行感染，多见于细菌通过尿道口逆行的进入尿道，蔓延至膀胱，甚至是肾脏而引起。常见的因素有不洁的性生活，或者不注意个人的生殖卫生情况，以及一些医源性的操作，比如留置导尿管，做膀胱镜、输尿管镜时，无菌操作不严格，容易将致病微生物带入尿道，引起炎症。有部分患者是由于存在泌尿系统的梗阻，比如前列腺增生症导致的慢性尿潴留，容易出现膀胱炎症、输尿管狭窄、结石等导致肾盂肾炎、肾积脓。

支原体是一种不具有细胞壁的原核微生物，如果检查发现支原体阳性表明受到了这种致病致病微生物的感染。支原体通常存在于人体的呼吸道和泌尿生殖道上皮黏膜，临床上常见的是支原体感染引起的非淋菌性尿道炎，主要表现是尿频、尿急，尿道瘙痒，尿道刺痛，尿道分泌物等表现。由于泌尿生殖道感染支原体，通常是由于通过性接触而导致的，也属于性病的一种，在临床上通常是使用大环类脂类的抗生素来进行治疗。

生殖系统衣原体感染属于一种性传播疾病，多数是通过不洁性接触而被传染的，少部分是由于使用公共卫生用品导致的，比如公用浴池。一般位于男性的尿道黏膜、前列腺等位置，女性的阴道子宫颈部的位置。患者一般会出现尿道瘙痒、刺痛、尿频尿急尿不尽症状，女性可能会有白带异常、瘙痒症状。对于这类患者通常建议口服大环类脂类抗生素进行治疗，比如阿奇霉素、米诺环素。