附件区囊肿大部分情况下是不存在危险的，但是需要注意的是附件区囊肿也会有一系列的并发症，例如会存在感染的风险，当女性机体抵抗力减弱时，附件区囊肿可合并感染，从而继发附件区脓肿的可能性。

此外，附件区囊肿也可以发生扭转的可能性，一旦发生扭转，女性会有突发的下腹痛，伴有恶心、呕吐，严重者可造成患侧的附件坏死，无法保留。最后部分附件区囊肿会有恶性变的可能性，如果有恶性变，那么会严重影响患者的生存期。