房间隔缺损的患者如缺损面积比较小，且没有相关的症状，没有肺动脉高压及心室扩大的一些情况，一般不需要特别用药。一旦出现症状，均应选择介入或手术治疗。只有当并发心功能不全、肺部感染，合并有心房、心颤等心律失常时，则需要进行相关的药物控制。当发生感染时，如肺炎或感染性心内膜炎，应积极选用抗生素或抗病毒药物治疗。当患者发生心力衰竭时，需要应用控制心律失常药物，如扩管、利尿、控制心室率等相关治疗。