维生素B6在体内被磷酸化形成磷酸吡哆醇、磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺三种活性辅酶形式，其中磷酸吡哆醛是氨基酸代谢中需要的100多种酶的辅酶，参与体内氨基酸、糖原和脂肪的代谢，还参与一碳单位代谢、内分泌腺功能调节、辅酶a的生物合成等过程。

维生素B6还在维持机体免疫功能方面发挥着非常重要的作用，人体缺乏维生素B6可使皮肤分泌旺盛部位出现脂溢性皮炎，维生素B6缺乏还可引起体液和细胞介导的免疫功能的受损，出现高半胱氨酸血症和黄尿酸血症。