核磁共振可以检查全身各部位、各系统的许多疾病，由于检查时间比较长，收费也比较贵，有些疾病可以用CT来代替，有些可以用超声来代替，但是有些病必须由磁共振来诊断，比如超急性期的脑梗塞、脑部的炎症、小肝癌、早期的股骨头坏死、早期的强直性脊柱炎、垂体的微腺瘤、椎管内的病变、早期的前列腺癌、子宫内膜癌、子宫颈癌。