核磁共振作为一项高端的影像学检查设备，可以诊断人体各系统各部位的很多疾病，但是对诊断以下疾病是有独特的诊断价值。比如垂体微腺瘤、急性脑炎的治疗前后、早期股骨头坏死、 四肢关节的软骨损伤、尤其是膝关节的退行性改变。膝关节外伤后韧带、肌腱，比如前后交叉韧带、内外侧副韧带、半月板。还有肩关节的有无肩袖损伤，早期的强直性脊柱炎、早期小肝癌、肝硬化再生结节的诊断和鉴别，都是其他检查手段和磁共振无法比拟的。