小便刺痛并伴有双侧腰部疼痛的原因主要考虑两个方面：

第一个是存在尿道感染，没有及时的治疗，细菌沿着尿道蔓延至膀胱，进入输尿管，引起了肾脏出现了炎症，导致了双侧肾盂肾炎，从而出现腰部疼痛伴有小便刺痛。这种情况下做尿常规检查会发现尿液中白细胞有明显的升高，需要及时的使用抗生素来进行处理。

另外一种情况需要考虑双侧都伴有肾脏的结石，由于结石的存在，可能导致了泌尿系统出现感染，引起了下尿路感染，出现小便刺痛。这种情况应该进一步的通过尿常规彩超等检查，明确具体原因，如果是结石伴有感染的情况下，需要控制感染之后及时的将结石排出体外，必要时需要通过手术来进行处理。