囊肿平时都没有明显的症状，囊肿多发于实质性的脏器，包括肝脏、肾、卵巢等。囊肿发现后，很多情况症状隐匿，即使较大的囊肿，如果对周围脏器没有压迫，也不会有明显症状。

但一些囊肿容易造成扭转，尤其是卵巢囊肿，则会出现突发性的腹痛，症状很明显，甚至需要急诊手术。而肝脏、肾脏上的囊肿增大后，尤其是肝脏囊肿超过十公分，患者可能存在有对胃、对周围组织的压迫症状，这时才需要考虑手术治疗。囊肿有时候并发有感染，则会出现发热以及局部症状。