婴儿发烧39℃是否严重需要结合孩子发热的具体病因，以及其他的临床表现来综合判断。如果孩子是由于上呼吸道感染引起的发烧，精神状态良好，没有头痛、呕吐等不适症状，病情不一定很严重，给予相应的退热治疗大部分三至五天可以恢复正常。

如果孩子除了发热还有咳嗽、呼吸急促、头痛、呕吐，甚至伴有惊厥等症状时，可能病情相对较重，需要及时带孩子到医院就诊，完善相关的辅助检查，明确孩子发热的具体病因，并且针对病因给予相应的治疗，以免耽误孩子的病情。