新生儿溶血病并发症，最主要最常见的也是最为严重的并发症，就是可能会引起胆红素脑病。因为溶血的孩子非结合胆红素水平太高，透过血脑屏障，可能造成中枢神经系统功能的障碍。如果不及时及早的治疗，可能会造成永久性的伤害。后遗症可能会出现手足徐动、眼球运动障碍、听觉障碍、牙釉质发育不良，还可能会出现脑性瘫痪，智能落后，癫痫抽搐，抬头无力或者流血等后遗症的可能性。