半夜出现咳嗽一般情况下和扁桃体结石没有明显的直接关系，一般半夜出现咳嗽可能是因为受凉，也有可能是吹的空调温度过低，由于冷空气刺激导致患者有一些咽炎症状发生，或者是呼吸道因为受凉后引起一些病毒、细菌趁机侵入，而引起一些炎症性病变，都可能会引起患者有不同程度的咳嗽。

扁桃体结石在临床上往往比较小，不会引起患者有明显的咳嗽症状，针对一些比较大的扁桃体结石，可能会引起患者有喉咙疼痛以及有咳嗽症状发生，但是一般咳嗽的时间没有明确的只是半夜咳嗽。所以半夜出现咳嗽可能由其他的一些病毒、细菌感染或者是一些过敏性因素存在引起的咳嗽，和扁桃体结石应该没有明显的直接关系。