非典型肺炎的典型症状主要分为三期。

第一期的症状也就是发病初期，发病第一天到七天，起病较急，临床上以发烧为首发症状，体温大约在38度左右，同时会伴随头疼、关节酸痛、乏力，有的会出现干咳、胸痛等症状。

进展期，也就是发病一周后，个别患者病程更长，会出现肺部的病变，进行性的加重，具体表现为胸闷、气短、呼吸困难、活动后加重，在进展期，体温会持续性的发烧。

进入了恢复期临床症状就会逐渐缓解，肺部的病变开始吸收，多数在两周左右恢复。