女性患有子宫内膜异位症，有可能会影响到正常的月经周期，比如说子宫内膜异位到女性的卵巢上，可以发展成为卵巢的巧克力囊肿，这个巧克力囊肿就可以影响卵巢正常的排卵，以及分泌激素的功能，导致女性出现月经周期紊乱、排卵障碍。

月经周期紊乱可以表现为月经量的改变以及月经持续时间的变化，有的女性会表现为阴道的不规则出血，大部分女性还会合并有受孕困难、不孕症的出现。