怀孕早期同房不会导致胚胎停止发育的，大部分胚胎停止发育是胚胎本身的问题，是由于胎儿染色体异常，这个是胚胎停止发育的最重要的原因。另外如果母亲患有全身性的疾病，比如说严重的全身性的感染或者是高热，也容易导致胚胎停止发育，还有黄体功能不全，也会出现这样的现象。同房的话一般的也容易引起胎儿的先兆流产，但是不会引起胚胎停止发育的。