药物流产以后，可以通过以下办法确定妊娠组织是否排干净：

第一、可以通过流血或腹痛的症状来进行判断，正常情况下药物流产以后，流血应该在三到五天左右停止，如果流血时间太长，就提示宫腔内有残留。正常情况下药物流产以后，一周左右腹痛应该消失，如果持续出现剧烈腹痛，也提示宫腔内可能有残留。

第二、判断药物流产以后是否干净，最准确的方法就是做B超，通过B超可以直观的看到宫腔内有无妊娠组织，这样能够直接判定药物流产以后是否流产干净。