引起反流性食管炎，最重要的原因可能是，食管下括约肌功能失常。正常食道下括约肌都能维持一定的压力，从而防止胃内容物反流。许多病理状态下，可以引起食管下括约肌功能失常。比如说贲门失弛缓症术后，不恰当的食物药物以及胃内压或者负压增高的情况下，都可能引起压力降低，而导致胃食管反流。其他病因比如胃排空障碍，比如说胃动力不足，会引起胃内容物容易反流至食道。食管裂孔疝与反流性食管炎关系密切，许多研究证明90%的食管裂孔疝，同时伴有反流性食管炎。另外有许多患者有夜间反流现象，也容易导致反流性食管炎的产生。