反流性食管炎的药物治疗，一般首选抑制胃酸药物，其它如胃肠动力药物、胃粘膜保护药物，能起到辅助治疗作用。一般的抑制胃酸药物有H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂等等，质子泵抑制剂的抑制胃酸疗效要远远高于H2受体拮抗剂，所以一般选用质子泵抑制剂治疗，常用的质子泵抑制剂有奥美拉唑、潘妥拉唑、兰索拉唑等等。胃肠动力药物如精氨酸、莫沙比利之类能够增加胃肠动力，促进排空，从而减少胃内容物反流食道的可能，另外，养成良好的饮食起居、习惯都有帮助。