卵巢的巧克力囊肿是会影响到正常月经的。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上所引起的，异位到这个地方的子宫内膜，同样具有正常子宫内膜的周期性变化，在激素的作用下，每个月都会发生充血、水肿以及剥脱。

囊肿的体积会逐渐地增大，刚开始的时候囊肿体积小，对女性的正常月经通常没有太大的影响，随着囊肿体积的增大，可以压迫正常的卵巢组织，导致出现排卵的异常，分泌激素水平的异常，从而引起月经周期的紊乱，比如说可以表现为月经周期不规律、月经量异常、阴道不规则出血等现象。