女性的巧克力囊肿，其实是子宫内膜异位到了卵巢上引起的，因为这个地方的内膜也具有正常子宫内膜的一些特性，每个月会发生充血、水肿、剥脱，之后这个囊肿就会逐渐地增大，压迫正常的卵巢组织，引起排卵以及激素分泌的异常，从而影响女性的月经周期，表现在影响女性的月经量、月经持续的时间，有的女性表现为阴道的不规则出血。

卵巢的巧克力囊肿有的时候会合并子宫腺肌症，这个子宫腺肌症其实就是正常的子宫内膜异位到了子宫肌壁间，所以说很多女性月经量是增多的，基本上没有女性是出现月经量减少的，一般都是经量增多、月经时间延长。