巧克力囊肿不能自然受孕，可以考虑采用试管婴儿来助孕。

巧克力囊肿多次由于子宫内膜异位症所引起的，而子宫内膜异位症，有可能影响生育，如果病情比较轻微，没有影响到输卵管和卵巢，一般影响不大，有自然受孕的可能性，但是，如果巧克力囊肿严重往往会影响输卵管或者卵巢的功能，导致腹腔黏连造成输卵管阻塞，而导致女性不孕，在卵巢的巧克力囊肿会影响女性的正常排卵，就是影响受孕，这时可以考虑尝试试管婴儿。