HPV病毒的潜伏期，根据其亚型不同，长短也不相同。如引起尖锐湿疣的低危型病毒，潜伏期为三周到八个月，平均三个月。如在潜伏期即进行干预性的治疗，患者的疣体还未长出，是治疗的最佳时间。一旦发病，会给治疗带来很多麻烦。引起宫颈癌的高危型的HPV病毒，潜伏期是8到24个月，平均是八个月的时间。只有持续的HPV病毒感染，才会发生宫颈上皮内瘤变或者宫颈癌变。