桥本甲状腺炎是一种慢性自身免疫性疾病，是临床上最为常见的甲状腺炎，它的病因最重要是一个免疫因素，因为桥本甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，所以患者通过抽血可以查出比较高浓度的抗甲状腺抗体，比如甲状腺球蛋白抗体、抗甲状腺微粒蛋白抗体。

此外还有遗传因素，大约50%的桥本甲状腺炎的患者具有家族史。还有环境因素，包括辐射、感染，或者饮食中过量的含碘，以及硒的缺乏，均可能会导致桥本甲状腺炎，近年来桥本甲状腺炎的发病率是明显升高的。