临床上有许多疾病可以导致空腹血糖偏低，比如对于糖尿病患者，比如使用的胰岛素，促胰岛素分泌药可以导致药物性的空腹血糖偏低。另外一些严重的肝损害，比如重症肝炎、肝硬化晚期、肝癌、胆管性肝炎和肝酶异常的患者可以出现肝源性空腹低血糖。另外胰岛素瘤也可以导致胰岛源性的空腹低血糖。

另外，间皮细胞瘤、脂肪肉瘤、神经纤维瘤的等这些肿瘤也可以导致空腹低血糖，有些患者是由于一些肾性的糖尿病或者肾衰竭的晚期，可以导致肾源性的空腹低血糖。内分泌疾病，比如垂体前叶功能机低下，肾上腺皮质功能低下，甲状腺功能低下可以导致内分泌性的空腹血糖偏低。另外，长期饥饿、剧烈运动、哺乳、妊娠、慢性腹泻、吸收不良、长期的发热也可以导致，过度的消耗以及摄入不足而导致空腹低血糖。另外，酮症性低血糖也可以表现为空腹血糖低。因此空腹血糖偏低的原因可见于许多疾病。