怀孕以后，孕酮是支持孕囊生长发育的主要激素，如果抽血化验发现孕酮太低伴有肚子痛，如何处理主要取决于病因：

第一，如果通过客观检查，发现孕囊有先兆流产的可能，这种情况就是由于孕酮低所导致的肚子疼，可以外源性地补充孕酮，通过口服一些孕酮类的药物，尽量缓解临床症状，促进孕囊的生长发育；

第二，如果通过B超看孕囊的大小或者根据怀孕时间，已经确定存在胚胎停育了，而这种孕酮太低、肚子疼是一种自然流产的表现，由于这种状态下保胎是没有价值的，所以观察为主，使孕囊能够自然排出来。