孕酮低与甲状腺疾病可能有一定的关系，多见于甲减的患者，甲状腺激素水平下降会导致机体的新陈代谢水平下降，继而影响血液的循环，使体内各器官的血流量减少，卵巢的血流量减少，会对卵巢的功能造成一定的影响，引起卵巢激素分泌的异常，其中也包括了孕激素分泌的减少，继而导致月经期的异常以及怀孕后流产的概率增加。

所以甲状性功能尤其是甲状腺功能减退会影响孕酮数值降低，孕期如果发现甲减，需要积极的治疗。备孕期间，建议将甲减控制以后再行怀孕。