巧克力囊肿来月经是不会消失，甚至在月经来潮的时候巧克力囊肿会有所增大，而且巧克力囊肿会随着月经次数的增多，囊肿会逐渐的增大。

巧克力囊肿的发生是因为子宫内膜的组织异位到了卵巢组织上，当发生月经的时候，异位到卵巢上的内膜组织也会随月经周期发生周期性的出血，因此就会形成了囊肿。

在月经来潮的时候，因为囊肿里的内膜会出血，因此会导致囊肿增大。随后当月经停止的时候，囊肿内的血液也会逐渐的被吸收，所以巧克力囊肿会稍有的减小，对于巧克力囊肿要治疗一般需要予以药物治疗，或者是手术治疗。