巧克力囊肿可以吃避孕药，口服短效避孕药是最早用于治疗内异症的激素类药物，目的主要是为了降低垂体促性腺激素水平，并且直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致内膜萎缩或者是月经量少。

长期连续服用避孕药，可以造成类似怀孕的人工闭经，称为假孕疗法，一般适用于轻度的内异症患者，可以连续服用6-9个月，但是在服用期间有恶心、呕吐，并且有血栓形成的风险。所以巧克力囊肿在吃避孕药期间，也需要定期进行超声检查，了解囊肿的缩小情况。