巧克力囊肿一般是吃中药不能完全消除的，可以通过西药的方式能够抑制巧囊的继续的增大，一般巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢而形成的囊性的肿物，一般需要手术治疗。

如果有生育要求的，可以选择患侧的巧克力囊肿的拨除术，如果没有生育要求的可以选择附件的切除，手术之后可以应用GnRH-a治疗，一般每个月皮下注射一次，预防巧克力囊肿的复发，同时如果有怀孕的可能，如果妊娠后可以抑制巧克力囊肿的复发。