巧克力囊肿是会影响排卵的，尤其是巧克力囊肿越大，更会影响卵巢的排卵功能，甚至有导致不孕症的可能。

女性卵巢巧克力囊肿的发生是因为子宫内膜异位到了卵巢组织内，随着月经周期也会发生周期性的出血，因为其血液似巧克力状，因此称为巧克力囊肿，随着巧克力囊肿的逐渐增大，就会破坏卵巢的皮质功能，导致没有成熟的卵泡发育。

因此就会影响排卵影响怀孕，所以对于女性有巧克力囊肿一般需要积极的处理，避免影响女性的卵巢功能。尤其是比较大的巧克力囊肿一般都建议手术治疗，术后还需要予以补充药物治疗，减少巧克力囊肿的复发。