巧克力囊肿疼痛需要根据疼痛的严重程度不同予以不同的方案来缓解。对于巧克力囊肿比较小，而且引起疼痛症状不严重的情况下，一般可以采取保守的治疗来缓解疼痛，可以予以按摩腹部或者是服用一些止痛药物来缓解疼痛的发生。

对于疼痛稍微严重的，尤其是巧克力囊肿生长超过了五个厘米以上的，没有生育要求的女性还可以予以曼月乐环来抑制排卵，从而也可以抑制巧克力囊肿，引起疼痛的发生。

如果是大的巧克力囊肿突然出现剧烈的疼痛，这种情况就需要考虑是囊肿破裂引起的疼痛，这种情况就需要到医院行手术治疗，避免巧克力囊肿破裂以后，引起盆腔子宫内膜异位症，导致以后疼痛的加重。