巧克力囊肿会引起痛经，主要是因为经血中含有前列腺素会导致子宫收缩，从而引起痛经。而巧克力囊肿，是因为在巧克力囊肿的卵巢组织里面有来自于宫腔的内膜组织，这些内膜组织也会随着月经的来潮出现周期性的出血，从而使前列腺素的分泌增加导致了女性痛经的加重。

尤其是有些卵巢的巧克力囊肿，当发生破裂的时候会引起盆腔子宫内膜异位症，加重了前列腺素分泌的增多，因此会引起痛经的加重。对于女性患有巧克力囊肿，一般建议积极的治疗。必要的时候甚至手术治疗，术后还需要予以孕激素处理，要抑制排卵，抑制月经的来潮，从而就可以达到治疗的目的。