巧克力囊肿切除了一侧卵巢后，是否还会复发，需要根据盆腔的情况，以及对侧卵巢的情况来进行综合评估。如果女性的一侧卵巢患有巧克力囊肿，并且行了这侧的卵巢切除后，对侧的卵巢组织正常，盆腔也没有盆腔子宫内膜异位症的病灶，这种在行了手术切除以后术后，复发的几率还是比较低的。

但如果巧克力囊肿切除一侧卵巢后，对侧的卵巢也存在早期的内膜异位病灶或者是盆腔存在病灶，那么在切除了一侧卵巢后手术后复发的几率还是很大的油。尤其是对于偏年轻的女性，这种情况在手术后还需要予以药物补充治疗可以减少复发的可能。