巧克力囊肿切除以后是否可以怀孕，要看女性是否卵巢可以正常的排卵，而且输卵管是否通畅，如果是男方精液正常，而且女方有正常的卵巢排卵，并且输卵管是通畅的，在排卵期隔天同房，是有可能会怀孕的。

但是巧克力囊肿会影响怀孕，所以在手术以后一定要尽快的开始备孕，以免时间延长，巧克力囊肿会破坏卵巢功能，引起输卵管粘连，引起继发性不孕的可能，可以在月经来潮的第八到十天开始监测排卵，在有排卵的时间前后同房，以增加受孕率。