验孕棒一深一浅和孕酮低没有关系，因为验孕棒是通过化验尿液中的HCG数值，来确定是否有怀孕的一项检查，如果是出现一深一浅，代表尿液中HCG含量比较低，有可能是因为检测时间过早，所以受精卵分泌的HCG含量还比较少，可以隔3-5天以后，选取早晨的小便进行复查，或者是通过抽血化验HCG来确定数值的大小。

但是验孕棒一深一浅，也有可能是因为胚胎发育不良或者是异位妊娠导致，可以隔天复查HCG，如果成倍增加，就考虑是正常的妊娠。