肾不纳气和气短的主要区别是在两者的症状上是有微弱的区别的，比如说肾不纳气主要强调呼吸系统的症状，因为肾气不固，主要强调泌尿生殖系统的症状。

而肾不纳气是由于多见的气短、气虚、呼吸极少、呼气困难等原因所引起的。而气短原因也有很多种，比如说经常性的熬夜、喝酒、吸烟等原因。所以在两者的症状上，是最主要的区别。