川崎病的病因暂不明确，可能有的因素是感染、免疫因素、遗传因素等等。

目前大多数认为在某些诱发因素的作用下，比如说感染，因为个体存在着遗传易感性，导致自身的免疫系统被激活了，从而发生血管炎性的损害。某些细菌、病毒等病原体感染是引起川崎病的一个诱发因素，所以在川崎病一年内尽量不要感冒发烧，避免引起川崎病的复发。