引起慢性肠炎的原因有很多，如果缺乏维生素B，会导致植物神经功能紊乱，会出现消化不良的症状，也会导致肠胃炎的发生。慢性肠炎一般和平时的饮食生活习惯，有着必然的联系。

如果是慢性结肠炎，或者是溃疡性结肠炎、克罗恩病这一类的疾病，和免疫因素以及遗传因素也是有着一定的联系。或者是由于肠道内细菌感染，也会导致腹泻的现象，也会出现肠炎。所以如果有慢性肠炎，可以针对病因对症治疗。